Освобождение от уплаты НДС по ст. 145 НК РФ задним числом

Организации, уплачивающей ЕНВД, в ходе выездной проверки были доначислены налоги по общей системе налогообложения, в том числе НДС. Вправе ли она воспользоваться положениями ст. 145 НК РФ, предусматривающими освобождение от обязанностей налогоплательщика НДС (по понятным причинам в предусмотренный законодательством срок налогоплательщик не представил в налоговый орган уведомление о применении этой льготы)?

Налоговики в Письме от 01.10.2018 № СД-4-3/19050@ сообщили, что в случае изменения квалификации деятельности налогоплательщика в рамках выездной налоговой проверки налогоплательщик имеет право на подачу уведомления об освобождении от уплаты НДС в порядке, предусмотренном п. 1 ст. 145 НК РФ, также и после обжалования результатов налоговой проверки в судебном порядке при условии, если такое освобождение применялось им фактически (НДС не исчислялся и не предъявлялся покупателям) и не истек установленный ст. 78 НК РФ срок возврата (зачета) переплаты по налогу.

Позиция ФНС согласована с выводами, содержащимися в Определении ВС РФ от 31.01.2018 № 306-К17-15420.