Как определить размер ставки НДС (18 или 20%) при выполнении работ в течение нескольких лет?

Между генподрядчиком и заказчиком заключен договор генерального подряда с поэтапной передачей работ. Работы выполнялись в период с 2015 г. по октябрь 2019 г. Генподрядчик ежемесячно выставлял заказчику промежуточные акты выполненных работ и отражал у себя выручку за период 2015 - 2018 гг. с НДС по ставке 18% и за 2019 г. с НДС по ставке 20%.

Организация применяет ПБУ 2/2008 "Учет договоров строительного подряда". Выручка по договору и расходы по договору признаются способом "по мере готовности" (п. 17 ПБУ 2/2008).

Способ "по мере готовности" предусматривает, что выручка по договору и расходы по договору определяются исходя из подтвержденной организацией степени завершенности работ по договору на отчетную дату и признаются в отчете о финансовых результатах в тех же отчетных периодах, в которых выполнены соответствующие работы, независимо от того, должны или не должны они предъявляться к оплате заказчику до полного завершения работ по договору (этапа работ, предусмотренного договором) (в ред. Приказа Минфина России от 06.04.2015 N 57н).

Согласно условиям договора генерального подряда промежуточный акт по форме N КС-2, промежуточная справка по форме N КС-3 не являются подтверждением приемки работ, а лишь подтверждают фактический объем выполненных за отчетный период работ и сумму необходимого промежуточного финансирования. Соответственно, все поступившие денежные средства в рамках промежуточных актов рассматриваются в качестве аванса.

В декабре 2018 г. в связи с переходом на НДС по ставке 20% с заказчиком было заключено дополнительное соглашение, в котором сумма контракта не увеличивается, сумма НДС в том числе.

Этап завершен в октябре 2019 г., и заказчику передается весь объем работ в 2019 г.

Основной объем работ выполнялся в 2015 - 2018 гг. с НДС в размере 18%.

Правомерно ли заказчик требует от генерального подрядчика выставить счет-фактуру на весь объем работ за 2015 - 2019 гг., в том числе НДС по ставке 20%?
Ответ Минфина предсказуем (см. Письмо от 05.12.2019 № 03-07-11/94432):

– ставка НДС в размере 20% применяется в отношении работ, переданных начиная с 1 января 2019 года;
– документом, подтверждающим сдачу результатов работ и, соответственно, факт их выполнения, является акт сдачи-приемки работ;
– в целях определения момента возникновения базы по НДС днем выполнения работ следует признавать дату подписания акта сдачи-приемки работ заказчиком.

Таким образом, если в течение периода выполнения работ по этапу генподрядчик признавал доходы только в целях бухгалтерского учета и налогообложения прибыли, но не учитывал выручку в базе по НДС (в декларации) и не выставлял заказчику работ «отгрузочные» счета-фактуры, то на основании подписанного в 2019 году акта НДС должен быть начислен по ставке 20% за весь период (2015 – 2019 годы). Доказать обоснованность применения ставки в размере 18% будет очень сложно, при условии, что обе стороны действовали одинаково (заказчик не учитывал на своем балансе стоимость работ, отраженных в формах КС-2, не получал «отгрузочные» счета-фактуры и не пользовался вычетами со стоимости указанных работ).